Giới thiệu về Genomics Vi sinh và Metagenomics Khóa Học Đào Tạo

Giới thiệu về Genomics và Metagenomics vi sinh vật

• Tổng quan về genomics và metagenomics vi sinh vật
• Các công nghệ trình tự và thiết kế nghiên cứu tiêu chuẩn
• Các định dạng file và tổ chức dữ liệu chính

Kiểm tra chất lượng và tiền xử lý

• Đánh giá và cắt đoạn chất lượng reads
• Xóa chủ và lọc nhiễm
• Chuẩn hóa reads và các vấn đề cần lưu ý sau đó

Các phương pháp phân tích phân loại

• Phân tích phân loại dựa trên marker với MetaPhlAn
• Các phương pháp k-mer và phân loại với Kraken2 và Bracken
• So sánh kết quả phân tích và hiển thị

Lập trình và phân chia metagenome (tổng quan)

• Các chiến lược lập trình và sử dụng SPAdes
• Các khái niệm và công cụ phân chia contig thông dụng (ngắn)
• Đánh giá chất lượng và hoàn chỉnh của lập trình

Phân tích gen và MLST

• Phân tích gen với Prokka
• Thực hiện MLST và giải thích kiểu gen
• Tạo báo cáo để chia sẻ kết quả

Gọi SNP và Phylogenetics

• Luồng làm việc gọi SNP dựa trên ánh xạ với Snippy
• Xây dựng cây philo-gen với IQ-TREE
• Hiển thị và giải thích cây với iTOL

Kháng sinh và phân tích phân loại chức năng

• Phát hiện gen kháng sinh với AMRFinderPlus, CARD và ResFinder
• Phân tích phân loại chức năng và tóm tắt đường dẫn
• Báo cáo kháng sinh và phân loại chức năng

Luồng làm việc có thể tái hiện và các thao tác tốt nhất

• Sử dụng Conda, Docker và mẫu luồng làm việc cho khả năng tái hiện
• Quản lý dữ liệu, tiêu chuẩn metadata và nguyên tắc FAIR
• Phóng to phân tích với tài nguyên cloud và notebook

Các trường hợp và phòng thí nghiệm thực hành

• Phân tích 16S/18S amplicon từ dữ liệu reads nguyên thủy đến bảng phân loại
• Phân tích và so sánh phức tạp giữa các mẫu metagenomic
• Lập trình gen, phân tích, SNP phân loại và báo cáo kháng sinh

Tổng kết và các bước tiếp theo