Microbial Genomics Training in Ho Chi Minh City

Genomics và metagenomics vi sinh vật kết hợp công nghệ trình tự và phân tích toán học để phân tích cộng đồng vi sinh vật, đặc trưng bộ gen và phát hiện đặc tính chức năng như khả năng chống kháng sinh.

Khóa học này được hướng dẫn trực tiếp (trực tuyến hoặc tại chỗ) và hướng đến nhà nghiên cứu và nhà sinh học thông tin từ cấp độ cơ bản đến cấp độ trung cấp muốn thực hiện phân tích thực tế về dữ liệu trình tự vi sinh vật và metagenomics.

Sau khi hoàn thành khóa học, các tham gia sẽ có thể:

• Mô tả các luồng làm việc trình tự phổ biến và các định dạng tệp chính được sử dụng trong vi sinh học gen.
• Thực hiện kiểm soát chất lượng và tiền xử lý dữ liệu đọc NGS thô.
• Thực hiện phân loại phân loại sử dụng các phương pháp dựa trên dấu hiệu và k-mer.
• Lắp ráp và chú thích bộ gen và chất lượng vi sinh vật.
• Phát hiện SNP, xây dựng phylogene và giải thích cấu trúc dân số.
• Dự đoán gen kháng sinh và tổng kết các hồ sơ chức năng.
• Sử dụng các luồng làm việc có thể tái hiện với Conda, Docker và báo cáo dựa trên notebook.

Định dạng của khóa học

• Bài giảng giới thiệu khái niệm và công cụ (20%).
• Phiên thực hành sử dụng bộ dữ liệu mẫu (60%).
• Thảo luận mở và phân tích hướng dẫn để các tham gia áp dụng phương pháp vào dữ liệu của họ (20%).

Tùy chọn tùy chỉnh khóa học

• Để yêu cầu một workshop được tùy chỉnh tập trung vào metagenomics lâm sàng, môi trường hoặc công nghiệp, vui lòng liên hệ với chúng tôi để sắp xếp.